翁啟惠提到，疫苗是預防與根治疾病最有效的方法，然而過去疫苗的發展侷限在傳染性疾病，主因在於這些疾病抗原是外來的，人體的免疫系統因為辨識出與自己細胞不同而發動攻擊，由此特性，便可使用死掉的或是毒性降低的病毒製作出疫苗。 許多疾病如小兒麻痺、流感、B型肝炎等等已經有疫苗來預防疾病；甚至在癌症方面，因為子宮頸癌致癌原因是因為感染了人類乳突病毒所致，多年前也發展出預防子宮頸癌的疫苗。
但撇除子宮頸癌，其他的癌症是由自身細胞突變所致，不易引發身體免疫系統攻擊，也因此在癌症疫苗首要突破的是找到癌細胞獨有、但正常細胞沒有的抗原，將癌症細胞標注出來。而更大的問題是，科學家無法在癌細胞上找出與正常細胞不同的特異性蛋白質，也因此三、四十年來無法發展出癌症疫苗。
翁啟惠發現這樣的限制，將研究方向從蛋白質移往醣分子。醣分子與蛋白質相連，長在蛋白質上，並呈現各種不同複雜樹枝狀。醣分子的形狀，由多個參與醣合成的酵素共同決定，癌細胞因代謝過程發生變異，連帶醣分子的長相也跟正常細胞不一樣。
他利用分子探針監測細胞的醣化過程，試圖找出癌症細胞與正常細胞上面醣分子的不同之處，並夠設計出有效的醣分子疫苗，也就是能更精準地將癌細胞從正常的細胞中辨識出來。
翁啟惠發現，醣分子疫苗可以協助早期發現「癌幹細胞」，可以進而在癌細胞失控發展前先殺死最初的根源，達到預防的功效。
另外也可以發展出廣效性的癌症疫苗，比起標靶藥物更能精準撲殺癌細胞。目前翁啟惠研究發現，現在殘害民眾的16種主要癌症，包括乳癌、子宮頸癌、腦癌、腎臟癌、肝癌等等，上面都可以找到只有癌細胞獨有的特殊醣分子。 目前第一代疫苗已經完成第三期人體試驗，是針對末期比較嚴重的病人當作治療性疫苗，等待結果公布中。另外也發展出第二代疫苗，也已進入第一期的人體試驗。
"人物,癌症,健康新知"
"翁啟惠院士：醣分子疫苗，癌症治療新曙光"
